Od 1552 roku nowy Porządek kościelny stanowi podstawę dla istnienia kościołów narodowych na kolejne stulecia. Klasztory zostały sekularyzowane. Tylko w Rostocku, Malchow, Ribnitz i Dobbertin zachowały się protestanckie klasztory żeńskie. Opór kościoła rzymskokatolickiego został stłumiony. Obowiązywała zasada - "cuius regio, eius religio" - "Czyj rząd, tego religia". Ulryk I z Meklemburgii zostaje pierwszym biskupem-administratorem. W 1571 roku luterański kościół regionalny zostaje wewnętrznie zrestrukturyzowany przez Zakon Superintendentów. Powstały okręgi kościelne: Wismar, Güstrow, Parchim, Schwerin, Rostock i Neubrandenburg.
Religia 1550 - 1600
Na osi czasu przez ten temat
Konsystorzy w Greifswaldzie, Szczecinie i Kołobrzegu nadzorują szkoły na Pomorzu. Diecezja Cammin staje się niezależnym regionem świeckim i jest zarządzana przez członków domu książęcego. Po długim sporze w 1569 roku zostaje wydane zarządzenie dotyczące klasztorów w Bergen na Rugii, Kołobrzegu, Marienfließ, Stolp i Verchen, które stają się protestanckimi zakładami opiekuńczymi dla szlachetnych dziewic.
Organizacją kościelną kieruje superintendent generalny Wolgast Jakob Runge. Jego nowy porządek kościelny został wydrukowany w 1563 roku. Wzmacnia to rozwój kościoła narodowego.
Opór kościoła rzymskokatolickiego został stłumiony. Obowiązywała zasada sformułowana w Greifswaldzie - "cuius regio, eius religio" - "Czyj rząd, tego religia".