Reformacja zmienia władzę polityczną w kraju. Ulryk I z Meklemburgii zostaje pierwszym biskupem-administratorem. Klasztory ulegają sekularyzacji. Tylko w Rostocku, Malchow, Ribnitz i Dobbertin zachowały się protestanckie klasztory żeńskie. Spory między książętami wzmacniają rycerstwo. Stara szlachta ustanawia rodzaj drugorzędnego rządu w tzw. wąskim komitecie rycerstwa i wsi. Rozpoczyna się rozwój reprezentacyjnych dworów i parków. Güstrow staje się rezydencją w 1555 roku i otrzymuje renesansowy pałac. Książę Ulryk panował tam przez prawie 50 lat. Z drugiej strony chłopi stają się chłopami pańszczyźnianymi.
Nowy porządek kościelny z 1552 roku obowiązuje przez wieki. W 1571 roku powstają powiaty kościelne Wismar, Güstrow, Parchim, Schwerin, Rostock i Neubrandenburg. Rostock i Wismar czerpią duże zyski z handlu bałtyckiego. Wczesnokapitalistyczne systemy wydawnicze i produkcyjne nie docierają do miast.