Pod koniec boomu rolniczego powiększone gospodarstwa rycerskie na wschód od Łaby wypierają gospodarstwa chłopskie.
Drugi główny podział kraju w 1621 roku podzielił te ziemie na Meklemburgię-Schwerin i Meklemburgię-Güstrow. Wojna trzydziestoletnia (1618-1648) wyniszcza kraj. Oblężenie małych miasteczek i kwaterowanie żołnierzy doprowadza do ruiny drobnych rzemieślników i handlarzy. Ludność wiejska wielokrotnie pada ofiarą grasujących żołnierzy i gangów.
W 1628 roku podbija kraj cesarski dowódca Albrecht von Wallenstein. Cesarz podnosi go do rangi cesarskiego księcia Meklemburgii. Jego reformy zostają odwrócone po morderstwie w 1634 roku. Wismar z wyspą Poel i urzędem Neukloster przypada Szwecji w 1648 roku.
Wojna powoduje zamieranie sztuki i nauki. Prowadzi to do brutalizacji moralności. Wzmogły się przesądy i donosy o czarach i czarownicach.