Die Reformation mit dem Wechsel von der katholischen zur protestantischen Konfession verändert die politische Macht im Land grundlegend.
Machtkämpfe und Erbteilungen schwächen die Fürstenherrschaft und stärken den ständischen Einfluss. Ausdruck dafür wird der „Engere Ausschuss“ der Ritter- und Landschaft, in dem die Vertreter des mecklenburgischen Altadels tonangebend sind. Er entwickelt sich zu einer Art Nebenregierung im Land.
Erbteilungen und Grenzkonflikte
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Im Siebenjährigen Nordischen Krieg (1563 – 1570) zwischen Schweden auf der einen und Dänemark, der deutschen Hanse und Polen auf der anderen Seite gelingt es den Herzögen, Neutralität zu wahren. 1570 erhalten sie im Reichstag des Heiligen Römischen Reiches zwei Stimmen. Grenzstreitigkeiten mit Brandenburg können beigelegt werden.