Die zweite Hauptlandesteilung bringt 1621 die Herzogtümer Mecklenburg-Schwerin und Mecklenburg-Güstrow hervor. Dann geht der Dreißigjährige Krieg (1618 – 1648) mit seinen Verwüstungen über das Land hinweg.
1628 erobert der kaiserliche Feldherr Albrecht von Wallenstein das Land. Der Kaiser setzt die mecklenburgischen Herzöge ab und erhebt Wallenstein zum reichsunmittelbaren Herzog von Mecklenburg. Seine Reformen werden nach seiner Ermordung 1634 rückgängig gemacht. Wismar mit der Insel Poel und das Amt Neukloster fallen 1648 im Westfälischen Frieden an Schweden (Westfälischer Frieden). Die mecklenburgischen Herzöge erhalten die schon von ihnen regierten Bistümer Schwerin und Ratzeburg als weltliche Fürstentümer.
Dreißig Jahre Krieg
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Der Dreißigjährige Krieg (1618-1648) bringt Verwüstungen über das Land. 1628 scheitert der kaiserliche Feldherr Albrecht von Wallenstein aber erstmals vor den Toren Stralsunds. 1630 landet der Schwedenkönig Gustav II. Adolf mit starker Streitmacht auf Usedom, besetzt Stettin und schließt ein Bündnis mit Herzog Bogislaw XIV. von Pommern. 1637 stirbt das pommersche Fürstenhaus aus. Das entfacht eine schwedisch-brandenburgische Rivalität, die erst im Westfälischen Frieden 1648 eine Lösung findet.
Vorpommern mit Stralsund und Rügen, das hinterpommersche Stettin, Wollin und das Odermündungsgebiet fallen an Schweden. Das führt zum Doppelstatus als schwedische Provinz und Reichsterritorium. Brandenburg erhält Kolberg und das Bistum Cammin in Hinterpommern.
