In strenger Religiosität ordnet der Oberkirchenrat unter der Leitung von Theodor Kliefoth die protestantische Kirche des Landes neu. Widerstände oder Abweichungen werden unterdrückt. In Mecklenburg-Schwerin lässt Friedrich Franz II. unter Mitwirkung des Oberkirchenrats 83 Kirchen neu bauen und 192 von Grund auf erneuern. Alle Beamten müssen evangelischen Glaubens sein.
Die offizielle Gleichstellung der Juden erfolgt 1869 mit dem Beitritt Mecklenburgs zum Norddeutschen Bund. Trotzdem geht die Zahl von etwa 2 000 Juden bis 1900 in Mecklenburg-Schwerin um 10% und in Mecklenburg-Strelitz um 32 % zurück. Die Zahl der Katholiken wächst in dieser Zeit auf etwa 2 – 3 % der Bevölkerung.
