Nach der Revolution werden die Landesklöster 1919 Staatseigentum. Beide Freistaaten trennen Staat und Kirche und gewähren Religionsfreiheit. Die evangelisch-lutherische Landessynode steht über dem Oberkirchenrat. Sie beschließt 1921 eine Verfassung und wählt Heinrich Behm zum Landesbischof. Neue freikirchliche Gemeinden entstehen.
Die mecklenburgischen Landeskirchen werden 1933 vereinigt. Ein evangelischer NS-Pastorenbund entsteht. Ein „Landeskirchenführer“ löst die Kirchenspitze ab. Die Opposition „Evangelium und Kirche“ wird juristisch verfolgt.
Einige katholische Priester werden ermordet und die „Zeugen Jehovas“ verboten. Pogrome gegen Juden beginnen 1933. Ab 1942 werden sie nach Auschwitz und Theresienstadt deportiert.
Nach 1945 suchen alle Religionsgemeinschaften innere Konsolidierung. Niklot Beste wird 1946 evangelischer Landesbischof. Die Theologische Fakultät in Rostock bleibt erhalten. Durch Flüchtlinge aus dem Osten erhöht sich der Anteil der Katholiken. Kirchenland wird nicht enteignet, aber Neubauern zugewiesen. Die überlebenden Juden bilden eine neue Landesgemeinde.