In der DDR wird die Kirche beargwöhnt. Die Junge Gemeinde, mit 25.000 Mitgliedern im Norden, wird 1953 als „staatsfeindlich“ diskreditiert.
Die katholische Kirche erhält in Schwerin ein bischöfliches Kommissariat (Amt).
Staat und SED wollen trotz Religions- und Glaubensfreiheit Kommunion, Firmung oder Konfirmation durch die Jugendweihe ersetzen. Die Kirche wird zum Zentrum von Systemkritikern. Kleinere Gemeinschaften ziehen sich aus der Öffentlichkeit zurück. Die Kirchen arbeiten karitativ in den Bereichen Behinderte, Familie und Jugend.
Im Herbst 1989 sind oft evangelische Kirchen Ausgangspunkte der Proteste gegen die SED-geführte DDR, die 1990 aufgelöst wird.
1994 entstehen zwei jüdische Gemeinden in Rostock und Schwerin durch Zuzug aus der früheren Sowjetunion. Sie bilden den Landesverband der Jüdischen Gemeinden.
1995 errichtet die katholische Kirche das Nordbistum für Hamburg, Schleswig-Holstein und den Landesteil Mecklenburg.
2009 entsteht ein Koordinationsrat der Muslime in Mecklenburg-Vorpommern.
2012 erfolgt in Mecklenburg-Vorpommern, Hamburg und Schleswig-Holstein der Zusammenschluss zur evangelisch-lutherischen Kirche in Norddeutschland, der „Nordkirche“.